La evidencia arqueológica sugiere que la caza de ballenas data desde el año 3000 AC y la realizaban los Inuit (esquimales de Groenlandia) y otras comunidades del Atlántico y Pacifico Norte. Los ejemplares cazados solían ser pequeños, estar varados en la costa o eran animales que se aproximaban a la costa durante las temporadas de migración para alimentarse y reproducirse en bahías protegidas. Algunos de los métodos empleados en la caza incluían redes y flechas envenenadas.
Los predecesores de la ballenería comercial fueron los Vascos, quienes cazaban ballenas francas, Eubalaena glacialis, que se reunían en la Bahía de Biscay para reproducirse. Esta especie fue la presa favorita de los cazadores debido a que se desplazan a baja velocidad y flotan después de muertas. Las ballenas eran perseguidas y arponeadas desde embarcaciones a remo. Posteriormente, sus cuerpos eran arrastrados hasta la costa donde se procesaba la capa de grasa y las barbas.
Inglaterra instauró las primeras industrias de explotación de ballenas en 1610, seguido por Dinamarca y posteriormente por otros países de Europa. En 1630 ya habían mas de 130 barcos balleneros cazando ballenas francas de Groenlandia, Eubalaena glacialis, alrededor del Ártico.
En 1670 las embarcaciones norteamericanas implementaron hornos para derretir y almacenar la capa de grasa de las ballenas, pudiendo extender la duración de los viajes (antes limitados por la descomposición de los animales).
En 1712 se inició la caza de Cachalotes, Physeter macrocephalus,que entregaban gran cantidad de aceite.
Durante la década de 1780 Inglaterra se convirtió en la principal nación ballenera con el fin de generar los recursos económicos que le permitirían desarrollar exitosamente la Revolución Industrial. La caza se extendió desde el Atlántico a las ricas aguas del Pacifico, generalmente en expediciones de cuatro años de duración enfocadas en ballena franca del sur, Eubalaena australis, Cachalote, Physeter macrocephalus, y distintas especies de lobos marinos.

A fines el siglo XVIII, y comienzos del XIX, las embarcaciones utilizadas eran a vela o remos y usaban arpones manuales.
A principios del siglo XIX aumentó la demanda comercial de aceite mineral y vegetal, lo que sumado a los altos costos de inversión de cada expedición, la falta de sistemas de aislamiento apropiados y la disminución de las poblaciones de ballenas, trajo consigo un descenso de la actividad ballenera debido a que los materiales de construcción no eran lo suficientemente resistentes para navegar por las aguas polares en busca de nuevas poblaciones de ballenas.

Después de la Segunda Guerra Mundial, la industria de aceite de ballena aumentó considerablemente. Se produjeron barcos factoría de mayor tamaño y velocidad (18 nudos), los cuales eran apoyados por aviones desde el aire. El éxito obtenido por las compañías Británicas y Noruegas (con más del 80% del mercado desde 1945 a 1950), fue acompañado por otras naciones como Holanda, la Unión Soviética y Japón. La caza de grandes especies disminuyó debido a la sobre-explotación, pero la actividad ballenera continuó cazando especies cada vez más pequeñas para abastecer el mercado. Un caso especial es el de Japón, el cual luego de ser derrotado en la segunda guerra mundial, carecío de alimentos suficientes, en particular de proteinas. Barcos de guerra fueron acondicionados como cazadores de ballenas, iniciándo así su historia ballenera. Como otros países, también tenían una historia de caza ocasional, pero a diferencia de la propaganda, no fue sino hasta la post guerra que se desarrolló como una industria. La caza de cachalotes, Physeter machrocephalus, volvió a tomar fuerza en 1950 cuando se encontraron nuevos usos para el aceite del órgano espermaceti.

Las embarcaciones utilizadas actualmente miden alrededor de 60 metros de largo, alcanzan grandes velocidades y realizan ágiles maniobras de navegación. En la proa se ubica el cañón que dispara un arpón de 2 mts de largo y 54 kg de peso, a una distancia de hasta 25 mts. El arpón esta fabricado de metal flexible, que no se quiebra cuando el animal lucha por liberarse. Además posee una granada de tiempo que explota dentro del animal dañando los órganos internos vitales y causando desangramiento masivo. Una línea de nylon que va desde el arpón hasta un huinche mecánico arrastra la ballena a la embarcación cuando el animal se encuentra exhausto; posteriormente el cuerpo es inflado para mantener el animal a flote e identificado con una banderilla. Finalmente, los cuerpos recolectados durante el día son procesados por el barco factoría.
Alrededor de 1962, las poblaciones de ballenas se encontraban al borde de la extinción. La caza comercial era llevada a cabo principalmente por la Unión Soviética y Japón. La industria ballenera soviética era subsidiada por el gobierno y los métodos de refrigeración moderna permitieron que Japón convirtiera la carne de ballena en una delicadeza culinaria. Pero este mercado también estaba destinado a morir debido a la inminente extinción de las últimas "ballenas comerciales", la ballena minke (Balaenoptera acutorostrata). En 1980 el comercio internacional de ballenas estaba prácticamente muerto, a pesar que la caza comercial en menor escala de cetáceos pequeños, continúa realizándose hasta nuestros días.
Actualmente, Japón ha liderado una campaña sistemática que intenta reabrir la caza comercial de ballenas. La cual incluye la compra de votos, una profusa propaganda y el uso de argumentos científicos no demostrados y rechazados por la comunidad científica formal.